La raccolta differenziata in Puglia si è fermata nel 2012 al 19% a fronte di un obiettivo del 65%.  

Un risultato "scarso"  a detta della stessa Regione. Nella bozza del nuovo piano regionale per i rifiuti  si afferma che la chiusura del ciclo dei rifiuti non potrà che esere affidata "alla realizzazione di impianti dedicati al recupero energetico" cioè ai termovalorizzatori. Il Piano stima in circa 300-350mila tonnellate annue la maggior quantità di rifiuti (CSS combustibile solido secondario) che il sistema impiantistico pugliese dovrà farsi carico di smaltire rispetto all'attuale potenzialità di termovalorizzaroti e cementifici.

L'assessore all'ecologia Lorenzo Nicastro ha affermato che "nel Piano non vi è alcuna previsione di ulteriori impianti" rispetto a quelli esistenti. Nella delibera con cui la Giunta Regionale varerà il nuovo piano, infatti, dovrebbe essere inserita la seguente indicazione: " Alcuni segmenti della filiera di trattamento dei rifiuti sono soggetti a consistenti e continue innovazioni tecnologiche, per cui eventuali riferimenti a specifiche tecnologie sono da considerarsi mere ricognizioni dello stato dell'arte, senza che ciò costituisca esplicita approvazione di una tecnologia rispetto ad un'altra".

Per Legambiente  non c'è bisogno di incrementare la capacità di termovalorizzazione: l'attuale dotazione impiantistica è più che sufficiente a smaltire il carico di residuo secco destinato alla valorizzazione energetica;  è necessario invece intervenire sulla raccolta differenziata, che ancora non decolla, insistere sulla strategia del riciclo e dire basta alla dittatura delle discariche. il Presidente Regionale dell'associazione, Francesco Tarantini,  ha affermato che "il recupero della frazione umida è uno snodo essenziale, sciolto il quale si metterebbe a tacere per sempre chiunque abbia interesse a favorire qualsiasi strumentale fuga in avanti sulla gestione dei rifiuti in Puglia".